Satu sentra yang ada di TKIT Harapan Bunda adalah sentra bahan alam. Sentra ini sebagai wahana pengalaman anak untuk berinteraksi langsung dengan lingkungannya dan bereksplorasi dengan bahan-bahan alam untuk menemukan pengetahuan dan konsep sains. Di Sentra Bahan Alam, anak bisa belajar sains dan bentuk hukum-hukum fisika sederhana dengan menggunakan bermacam-macam bahan dan alat permainan. Kegiatan di sentra ini juga diisi dengan main pembangunan bersifat cair, seperti bahan main ublek, di mana anak bisa belajar tentang pencampuran warna, berkreasi dengan bahan itu, dan merasakan teksturnya. Di sentra ini juga, guru membangun perkembangan sensori motorik anak dan pengetahuan anak tentang panca indera dan fungsinya, cara merawat panca indera, aneka sayur dan buah yang berguna untuk panca indera, dan lain-lain.